Mission Cuora metabarcoding

Les études écologiques sur les tortues-boîtes asiatiques (Geoemydidae, Cuora) sont rares, en particulier sur le régime alimentaire et ont été principalement réalisées en Chine. Afin d’approfondir nos connaissances sur cette espèce emblématique du Vietnam, nous visons à déterminer son régime alimentaire à partir d’analyses fécales (méthode non invasive) en utilisant une nouvelle approche de métabarcodage ADN long. En effet, la quantification des interactions et des flux dans les réseaux trophiques est primordiale pour la compréhension du fonctionnement des écosystèmes. Cette connaissance est une étape cruciale pour déterminer les impacts potentiels d’un prédateur sur ses populations de proies. Les études sur le régime alimentaire sont essentielles comme bases pour les mesures de conservation visant à maintenir des interactions optimales entre les espèces dans les écosystèmes. Le métabarcodage de l’ADN est un outil puissant à des fins de conservation, pour étudier les chaînes alimentaires et déterminer le régime alimentaire des prédateurs. Le métabarcoding de l’ADN combiné aux technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS) rend possible l’identification taxonomique des ADN présents dans les échantillons de sol, d’eau, de matières fécales, d’intestins et d’estomac, en séquençant simultanément en parallèle des milliers de molécules d’ADN correspondant à de courts codes à barres d’ADN amplifiés par des systèmes universels et /ou des amorces spécifiques.

Nous avons passé une semaine dans la réserve naturelle de Xuan Lien au Vietnam pour récolter les fèces de tortues boîtes. Grâce aux études en cours de CCD (Center for Nature Conservation and Development) et leurs 10 Cuora galbinifrons radio-trackées, nous avons eu la possibilité de trouver ces animaux particulièrement discrets et de récolter les échantillons.

Ce travail méthodique et rigoureux permettra, grâce à une technique innovante de Charlotte Ducotterd (métabarcoding ADN), d’en apprendre d’avantage sur l’alimentation des Cuora dans leur milieu naturel.